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初期公開日:2024年5月10日更新日:2025年12月1日

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電子処方箋の活用・普及促進事業について~よくある質問~

神奈川県医療提供体制推進事業費補助金(電子処方箋の活用・普及の促進事業)に関するよくある質問と回答のページです。

【電子処方箋の導入にあたって】

質問導入するメリットは何か。

質問電子処方箋管理サービスを導入したい場合、どのような手続きを行えばよいのか。

質問どこのシステム事業者に依頼すればよいのか。

質問システム事業者による対応に、どのくらい時間を要するのか。

質問なぜ、支払基金と県の2か所に分かれて補助を行うのか。

 

【補助金交付申請兼実績報告について】

手続きについて

質問県に申請する方法は決まっているのか。

質問県に申請するためには、電子処方箋管理サービスを導入し、支払基金から交付決定が得られていないといけないのか。

質問前年度に支払基金から電子処方箋管理サービスに関連する補助金の交付決定を受けて、電子処方箋の運用を開始しているが、県の補助金は申請できるか?

質問補助限度額の範囲内で複数回に分けて補助金を申請することはできるか?

質問県の補助金の交付条件において、「県が指定する電子処方箋に関する周知広報ポスターを掲示」となっているが、具体的にはどのようなポスターか?

質問交付申請書兼実績報告書に添付する「県が指定する電子処方箋に関する周知広報ポスターを対象施設に掲示したことが分かる資料」とは具体的に何か?

 

その他(申請期間、対象事業など)

質問支払基金の補助金の対象となる電子処方箋の導入期限及び申請期限が延長となったが、県の補助も延長するのか。

質問3つの補助メニューがあるが、どれを選択するとよいか。また、どのような観点で選択すればよいのか。

質問電子処方箋管理サービス導入後に生じるランニングコスト(修理費用を含む)も補助対象になるか?

質問電子処方箋管理サービスの初期導入後、別に新機能の拡充(導入)を行った場合は、それぞれ県の補助金の対象となるか?

質問補助金は申請書を提出してからどのぐらいで交付されるか?

質問県の補助金の交付を受けた後に、何か事後手続きを行う必要はあるか?

 

【消費税及び地方消費税に係る仕入控除税額報告について】

仕入控除税額報告制度の概要について

質問 仕入控除税額制度とは何か。

質問 なぜ補助金を返還する必要があるのか。

 

手続きについて

質問 県の補助金の交付を受けたが、いつ仕入控除税額報告すればよいか。

質問 仕入控除税額が0円で返還がなければ、報告手続きは不要か。

質問 令和6年度の補助金交付申請(又は実績報告)と同時に仕入控除税額を報告済みだが、令和7年度も出す必要はあるか。

質問 報告手続きはどのように進めればよいか。

質問 報告手続きで提出する書類はどのようなものか。

質問 確定申告書の写しは、いつ時点のものが必要になるか。

質問 報告期限である令和8年1月30日までに、県の補助金の交付を受けた時期を含む確定申告が完了しない場合はどうすればよいか。

質問 仕入控除税額報告の後はどのように対応するのか。

 

 

【電子処方箋の導入にあたって】

質問 導入するメリットは何か。
回答

複数の医療機関や薬局で直近に処方・調剤された情報の参照、それらを活用した重複投薬等チェックなどを行えるようになります。

医療機関メリット

  • 処方箋の事前送付が行えるようになります。
  • マイナンバーカードで患者本人の同意を得た場合は、オンライン資格確認等システムで参照できる情報に加え、複数の医療機関や薬局で直近に処方・調剤された情報の参照が可能になり、より患者に寄り添った対応を行うことができるようになります。
  • 医療機関・薬局を跨いだ情報共有により、より実効性のある重複投薬等の防止が可能になります。

薬局メリット:

  • 処方箋の内容の入力作業や、紙処方箋の保管が不要になります。
  • マイナンバーカードで患者本人の同意を得た場合は、オンライン資格確認等システムで参照できる情報に加え、複数の医療機関や薬局で直近に処方・調剤された情報の参照が可能になり、より患者に寄り添った対応を行うことができるようになります。
  • システム化により医師・歯科医師と薬剤師のコミュニケーションが円滑になり、さらにシステム的にチェックされた処方箋を薬局で扱えるようになります。
質問 電子処方箋管理サービスを導入したい場合、どのような手続きを行えばよいのか。
回答 電子処方箋は、オンライン資格確認の仕組みを活用します。また、電子署名を行うためにHPKIの仕組みを利用します。そのため、オンライン資格の利用開始手続きとHPKIカード発行申請・登録等が必要です。さらに、電子処方箋管理サービスを利用するために利用申請を行う必要があります。
質問 どこのシステム事業者に依頼すればよいのか。
回答

電子処方箋に対応しているシステム事業者については電子処方箋導入対応事業者一覧(外部サイト:医療機関等向け総合ポータルサイト(別ウィンドウで開きます))になっています。

質問 システム事業者による対応に、どのくらい時間を要するのか。
回答 システム事業者によって異なりますが、1,2か月を要することが多いようです。詳しくは各システム事業者へお問い合わせください。
質問 なぜ、支払基金と県の2か所に分かれて補助を行うのか。
回答

支払基金の補助と県の補助はいずれも国の仕組みによるものですが、支払基金補助金はより多くの医療機関や薬局の参画を促すため支払基金が主体となり、県補助金は医療費適正化の観点から県が主体となって実施するものだからです。

【補助金交付申請兼実績報告について】

(手続きについて)

質問 県に申請する方法は決まっているのか。
回答

e-kanagawa電子申請システムによる申請となります。

電子申請が難しい場合は、ご相談ください。

質問 県に申請するためには、電子処方箋管理サービスを導入し、支払基金から交付決定が得られていないといけないのか。
回答 そのとおりです。
質問 前年度に支払基金から電子処方箋管理サービスに関連する補助金の交付決定を受けて、電子処方箋の運用を開始しているが、県の補助金は申請できるか?
回答

既に電子処方箋管理サービスを導入して、支払基金から交付決定を受けた施設であれば、県の補助金交付決定前に導入した場合でも、県の補助金を申請することは可能です。

ただし、県の補助金は、令和7年9月30日までに導入完了した電子処方箋に関する導入費用が対象ですのでご注意ください。

質問 補助限度額の範囲内で複数回に分けて補助金を申請することはできるか?
回答 電子処方箋管理サービスの導入に係るすべての事業を完了した後、一度に申請いただくことになりますので、複数回の申請はできません。
ただし、事業区分「(1)初期導入」で県に補助金を申請した後、令和6年度から新たに補助対象となった「新機能」を施設に導入し、支払基金に事業区分「(2)新機能」で補助金申請を行い、交付決定を受けた場合は、別途、県に対して事業区分「(2)新機能」の申請が可能です。
質問 県の補助金の交付条件において、「県が指定する電子処方箋に関する周知広報ポスターを掲示」となっているが、具体的にはどのようなポスターか?
回答

次の2種類のポスターを施設内で患者様の見えやすい場所に掲示していただく必要があります。
(1)「電子処方箋の対応施設の周知ポスター」

 令和5年2月に支払基金より全医療機関・薬局へ送付されているものですので、そのポスターをご利用ください。紛失等している場合は、県薬務課HP又は厚生労働省ホームページに掲載されていますので、印刷の上、掲示してください。
(2)「電子処方箋のメリットの周知ポスター」

 県民の方に電子処方箋のメリットを知ってもらうためのポスターです。こちらは、県薬務課HP又は厚生労働省ホームページに掲載されていますので、印刷の上、掲示してください。
 なお、(1)(2)いずれのポスターも、色や大きさの指定はございませんので、利用者の周知に適した形で印刷して掲示をお願いします。大きさはA4以上を推奨しています。

質問 交付申請書兼実績報告書に添付する「県が指定する電子処方箋に関する周知広報ポスターを対象施設に掲示したことが分かる資料」とは具体的に何か?
回答

2種類のポスターを施設内に掲示していただき、その場所の写真を撮っていただいたものを提出していただきます。
ポスター1枚につき写真1枚ずつでも、ポスターが隣り合っておりポスター2枚を1枚の写真に収めていただくことでも構いません。
ただし、その写真において、県が指定したポスターであることが判別できること、また補助金の交付決定を受けた施設内であることが分かることが必要です。

 

(その他)
質問 支払基金の補助金の対象となる電子処方箋の導入期限及び申請期限が延長となったが、県の補助も延長するのか。
回答

県の補助金は、令和7年9月30日までに導入完了した電子処方箋に関する導入費用が対象であり、延長は行いません。令和7年11月30日の申請期限までに申請を行ってください。

なお、支払基金の期限の詳細については、「医療機関等向け総合ポータルサイト-電子処方箋管理サービス(別ウィンドウで開きます)」からご確認ください。

質問 3つの補助メニューがあるが、どれを選択するとよいか。また、どのような観点で選択すればよいのか。
回答

補助対象事業は次の3つがあります。

(1)初期導入(基本機能)

(2)新機能

(3)初期導入と新機能同時導入

電子処方箋の「(1)初期導入(基本機能)」をまずは最優先で御対応ください。

システム事業者が対応している場合には「(3)初期導入と新機能同時導入」をぜひ一緒に導入してください。

既に電子処方箋を導入しており、システム事業者が対応している場合には「(2)新機能」を導入してください。

質問 電子処方箋管理サービス導入後に生じるランニングコスト(修理費用を含む)も補助対象になるか?
回答 導入後に発生する費用(ランニングコスト・修理費用を含む)は補助対象外となります。
質問 電子処方箋管理サービスの初期導入後、別に新機能の拡充(導入)を行った場合は、それぞれ県の補助金の対象となるか?
回答 支払基金への補助金等申請を初期導入と新機能拡充(導入)に分けて行い、それぞれ支払基金から交付決定を受けている場合は、県の補助金についてもそれぞれ対象となります。
たとえば、事業区分「(1)初期導入」で県に補助金を申請した後「新機能」を施設に導入し、支払基金に事業区分「(2)新機能」で補助金申請を行い、交付決定を受けた場合は、別途、県に対して事業区分「(2)新機能」の申請が可能です。
質問 補助金は申請書を提出してからどのぐらいで交付されるか?
回答

申請を受付け後、審査を行い、申請内容に不備がなければ1ヶ月程度で交付決定通知書がお手元に届きます。交付決定通知の日から1ヶ月程度で、補助金をお支払いする予定です。
なお、申請や実績報告において、不備や添付書類不足がある場合、また申請が集中した場合等には、予定より交付に時間を要する可能性があります。

質問 県の補助金の交付を受けた後に、何か事後手続きを行う必要はあるか?
回答

事業完了後、消費税及び地方消費税の申告により補助金に係る消費税及び地方消費税に係る仕入控除税額が確定した場合には、速やかに県知事に報告してください。仕入控除税額が0円の場合も報告が必要です。

 

【消費税及び地方消費税に係る仕入控除税額報告について】

(仕入控除税額報告制度の概要について)

質問 仕入控除税額制度とは何か。

回答

消費税の課税事業者が消費税の納付額を計算する際に、売り上げにかかった消費税から仕入れにかかった消費税を差し引く制度のことです。

詳しくは、国税庁が公開している「よくある税の質問(消費税)(別ウィンドウで開きます)」をご覧ください。

質問 なぜ補助金を返還する必要があるのか。

回答

補助事業において支払った消費税は課税仕入れ等に係る消費税に含まれるため、補助事業者は自ら負担していない消費税について控除を受けた場合、その控除額に含まれる補助金額を返還する必要があります。仕入控除税額が0円の場合も報告をお願いします。

詳しくは、国税庁が公開している「よくある税の質問(消費税)(別ウィンドウで開きます)」をご覧ください。

(手続きについて)

質問 県の補助金の交付を受けたが、いつ仕入控除税額報告すればよいか。

回答

消費税及び地方消費税の申告により補助金にかかる消費税及び地方消費税に係る仕入控除税額が確定したら、速やかに県知事に報告してください。

令和6年度に補助金交付を受けた事業者の報告は、仕入控除税額の確定後速やかにお願いします。

令和7年度に補助金交付を受けた事業者の報告は、令和8年度に受付します。詳細は改めてご案内します。

質問 仕入控除税額が0円で返還がなければ、報告手続きは不要か。

回答

返還相当額「0円」での報告が必要ですので、補助金交付を受けた全ての事業者が手続きを行う必要があります。

質問 令和6年度の補助金交付申請(又は実績報告)と同時に仕入控除税額を報告済みだが、令和7年度も出す必要はあるか。

回答

令和6年度のうちに仕入控除税額を報告済みの場合は、令和7年度に改めて報告する必要はありません。 ただし、令和7年度に電子処方箋管理サービスの新機能を導入して、新たに県の補助金交付を受けた場合は、令和8年度に仕入控除税額を報告してください。

質問 報告手続きはどのように進めればよいか。

回答

手続きのページをご確認のうえ、報告書の作成をお願いします。

報告は、e-kanagawa電子申請システムを通じて行ってください。電子申請が難しい場合、郵送での提出も可能です。 

質問 報告手続きで提出する書類はどのようなものか。

回答

まず、手続きのページに掲載している「提出の流れ」のフロー図により、該当するパターンを確認してください。パターンにより添付書類が異なります。

報告には、次の3種類の書類が必要です。

①消費税及び地方消費税仕入控除税額報告書(様式はこちら

②パターン別の別紙概要(様式はこちら

③事業者に応じた添付書類

質問 確定申告書の写しは、いつ時点のものが必要になるか。

回答

仕入控除税額報告の返還がある場合、「原則として、県の補助金の交付を受けた時期を含む確定申告書の写し」が必要です。

質問 報告期限である令和8年1月30日までに、県の補助金の交付を受けた時期を含む確定申告が完了しない場合はどうすればよいか。

回答

報告期限までに県の補助金の交付を受けた時期を含む確定申告が完了しない場合は、提出期間に関わらず、ご準備でき次第報告してください。

質問 仕入控除税額報告の後はどのように対応するのか。

回答

<仕入控除税額0円(返還額なし)の場合>

手続きは完了ですので、これ以降の手続きはありません。

 

<仕入控除税額あり(返還額あり)の場合>

返還通知書及び納入通知書を郵送しますので、納入通知書により金融機関の窓口等で納付期限までに返還額を納付してください。なお、このお知らせには数か月かかる場合があります。

納入の事実を証明するため、領収書はご自身で保管してください。

このページに関するお問い合わせ先

健康医療局 生活衛生部薬務課

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電話:045-210-4967

ファクシミリ:045-201-9025

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