細菌の分類は、科（Family）以下の下位の分類群で示される。
一例として表1に示した和名の大腸菌は、family: Enterobacteriaceae に属するEscherichia coli である。

すべての生物には学術上の便宜のため、世界共通の名称が国際命名規約により決定され、博物学者リンネ（Carl von Linné スウェーデン 1707-1778）が考案した二名法に従ってラテン語のイタリック体で表記される。
はじめに属名を名詞で記載（頭文字を大文字）し、次の種名は形容詞あるいは相当語句で示す（小文字）。
古くから学術用語として用いられているラテン語は、現在は世界でほとんど使用されていない言語で、かつ今後も用法の変化が無いことから、国際的に統一された学術用語として現在も使用される。

学名を従来の日本語で記載したもので、俗名である。
大腸菌、赤痢菌、コレラ菌など大腸は体の一部、赤痢やコレラは疾患名であることから細菌名であることを表すために、菌をうしろに付けている。
サルモネラ、腸炎ビブリオ、カンピロバクターなどは細菌の名称であることから、後ろに菌をつけるのは不適切である。