検査対象を腸内細菌科菌群とした理由の1つは、実際に腸管出血性大腸菌に汚染されている肉は非常に少ないと考えられるからです。そこで、この基準では、衛生管理が適切に行われているかどうかに着目して、その評価の指標となる菌、すなわち指標菌を腸内細菌科菌群としました。末尾が「群」となっていることでわかるように、特定の菌ではなくグループを指しています。この中には、腸管出血性大腸菌やサルモネラ属菌等の病原性のある菌だけではなく、腸内細菌科に分類される多くの菌が含まれます。指標菌は、適切な衛生管理が出来ていれば検出されることはないはずなので、腸内細菌科菌群が「陽性」になれば、適切な管理がなされていないと考えられ、肉やその取り扱い過程のどこかで、腸管出血性大腸菌に汚染される可能性があると考え、危険を回避する対策をとることができます。

　腸内細菌科菌群としたもうひとつの理由は、この試験方法が国際的に認められている方法であることです。従来から食品や環境の細菌汚染を評価する指標菌として、「大腸菌群」や「糞便系大腸菌群」などが広く用いられていますが、今回は、現在の国際標準となっている検査法を取り入れることで、より広範囲の菌を捕らえることになります（図2）。

  飲食店等で牛肉を生食用として提供できるのは、どのように処理された肉でしょうか。
  ブロック肉の場合、汚染の可能性が高いのは表面と表面から深さ１cm程度の部分までであることが検証されています。したがって、汚染の可能性のある部分を取り除き、内側の肉だけを取り出せば良いのですが、そのまま刃物を使うとかえって表面の汚染を内側に広げてしまいます。そこで、樹脂製のパックなどに密封して温湯に入れて、深さ1cm以上まで十分に加熱殺菌してから外側部分を切り取ります。
  この際の、温度や時間は利用する設備や肉の状態で違ってくるので、検証が必要です。また、全ての作業を十分に注意して行わなければなりません。
  なお、厚生労働省では、この規格基準は100％の安全を保障するものではなく、生食を推奨するものではないと説明しています。さらに、高齢者や子供、免疫力が低下している人は食べるべきではないとも説明しています。また、今回の基準の対象とされていない牛レバーや内臓、豚肉や鶏肉などの生食も安全とはいえないのです。